Su aygırları 20'ye kadar hayvandan oluşan sürüler halinde yaşarlar. Grupların su ve karada sabit olarak sınırlandırılmış egemenlik alanları vardır. Alanın işaretlenmesi, erkek tarafından dışkısını dairesel kuyruk hareketi ile fırlatamasıyla olur. Yaşlı erkekler bazen tek başlarına olsalar da alışılmış olan, gruba liderlik yapmasıdır. Gruplar, dişiler ve yavrular bazen de genç erkeklerden oluşur.
Erkekler birbirlerine karşı kontrol alanlarını sert şekilde savunurlar. Birbirleriyle rekabet eden erkekler, hatta ölümle de bitebilen ağır kavgalar yaparlar.
Su aygırları, suda bir hayata çok iyi uyum sağlamışlardır. Karada terleme suretiyle çok su kaybederken çok hızlı güneş yanığı olurlar. Suyun ve güneşin etkilerinden, uyarıldıklarında kuvvetli bir şekilde salgılanan pembe rengi sümüksü bir salgı ile korunurlar. Suyun altına sıkça burun deliklerinin üstüne kadar dalarlar. Bu delikler kapandığından, su aygırı rahatça 10 dakika su altında kalabilir. Su aygırları hayatlarını su içinde geçirselerde esasında kötü yüzücüdürler. Çoğunlukla akarsuyun zemininde yürür ya da kendilerini suya taşıtırlar.
Genelde geceleri karaya çıkarlar ve düzlüklerdeki otları yerler. Günlük bitki ihtiyacı 50 Kg tutar. Yavaş akan nehirlerin yakınında bulunan, yeşil düz çimleri hatırlatan alanlar, su aygırlarının otlak alanlarıdır. Bu otlaklara ulaşmak için yine de günlük beş ile on kilometrelik mesafeyi geride bırakırlar. Bu esnada gruplar düzgün patikalar oluşturur.
Aslan ve timsahlar genç su aygırlarına saldırsalar da, gençler yetişkinler tarafından korunduklarından ender olarak başarıya ulaşırlar.